Patologická fyziologie je kromě oboru výukového jednoznačnou součástí biomedicínského výzkumu a myšlení každého lékaře.
Studium původu nemocí a vzniku jejich příznaků, znalosti o patogenezi, fyziologických mechanismech a jejich změnách při vzniku chorobných stavů je v samém centru výzkumu nemocí, i když metodicky mohou být použity nejrůznější metody. Nicméně základní myšlenkové procesy, komplexní pohled na tyto děje, integrace poznatků a jejich zasazení do širšího kontextu jsou v zásadě patofyziologické postupy, ať už jsou uplatňovány na úrovni molekul či celého organismu.
Stejně tak jsou tyto principy a postupu základem lékařského myšlení, ať už v rozeznávání příznaků, diagostické rozvaze či v chápání léčby.